Porque eso es probablemente cierto, al menos parcial y ligeramente (… pero ten cuidado con los factoides, como señala Laura, ¡y mira los gráficos a continuación!) . Estoy totalmente de acuerdo con las respuestas anteriores de Quora User y Quora User.
¿No percibes también que los españoles están generalmente más “interesados en sus vidas no laborales” (interacción social, vida familiar …) que las personas de otros países? – También podría ser una cuestión de prioridades.
Pero por favor , no insinúen que estoy defendiendo la baja productividad, fallas en la idiosincrasia española (que son evidentes) o “errores del sistema”: no lo estoy . Las “malas características” que Luis menciona en su respuesta deben corregirse.
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Ahora prepárate para la “sección sorpresa” de la respuesta:
La productividad española puede no ser la mejor del mundo, pero está por encima del promedio de la OCDE (y por encima de Japón, que mencionas en tu pregunta):
Además, ha estado mejorando rápidamente en los últimos años: 
(El gráfico anterior muestra el crecimiento anual de la productividad 2000-2012, tomado de Hacer que los mercados funcionen para aumentar la productividad y el crecimiento: la experiencia australiana )
. Y nuestras horas de trabajo son absolutamente comparables a las de la mayoría de los otros países (de hecho, están en la parte superior de la lista … desafortunadamente): 
Entonces … muchos factores … pero la realidad no es TAN mala.