Hay poca diferencia entre los dos, y más superposición que no. Muchas de las especialidades de CE terminan estudiando redes y trabajan en áreas idénticas a las especialidades de CS. Muchas especialidades de CS trabajan en arquitectura, circuitos, redes inalámbricas de bajo nivel, áreas que algunas personas consideran CE. De hecho, muchas escuelas no tienen una especialización de CE, y lo que está cubierto por el área de CE está completamente incluido como un subconjunto de CS, y algunos un subconjunto de EE.
Más importante aún, tu especialidad no te define. Tratar de pensar en su carrera como se define por una sutil diferencia en su especialidad no es útil ni productivo. Intentar predecir el futuro en 10 años es aún menos útil. Debes hacer lo que te parezca interesante y apasionado, no lo que * adivinas * podría ser útil en el futuro. Si te encantan los algoritmos, el software, la teoría, la minería de datos, las bases de datos, las redes, el aprendizaje automático / IA, entonces debes entrar en CS. Si te gusta la arquitectura o la tecnología inalámbrica, puedes hacer CS o CE.
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