Aquí hay un gran recurso para comprender cómo se desarrolla el mercado de bases de datos:
Ranking de motores DB
Puede ver que se trata de Oracle, MySQL y SQL Server en los lugares 1–3. Básicamente, en este momento, cualquiera de ellos vale la pena aprender y probablemente pagará bien. En general, en el mercado, Oracle paga un poco mejor por los DBA que cualquiera de los otros dos. SQL Server probablemente paga mejor que MySQL.
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En términos de aprender lo básico, realmente son casi lo mismo. Oracle tiene más botones para ajustar (y aprender), pero tiene una comunidad de soporte más débil. SQL Server tiene una comunidad extremadamente fuerte (vea http://Pass.org por ejemplo), pero menos botones para ajustar (y nuevamente, aprender). MySQL está en el medio de estos dos. En general, se usa un poco más dentro de las empresas centradas en la web y las empresas menos tradicionales.
He trabajado profesionalmente con Oracle y SQL Server (aunque mi experiencia con Oracle es bastante antigua en este momento). Elegí SQL Server debido a la comunidad de soporte.