¿Es una opción razonable ejecutar una API basada en NodeJS + Mongo para una plataforma Android?
Esta es una de las docenas de posibles opciones razonables. Si se siente cómodo con NodeJS y MongoDB, esta puede ser la forma más rápida de poner su aplicación en producción.
¿Qué debo considerar al ejecutar mi propio VPS y base de datos también?
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Si esta no es su experiencia, consideraría compartir esta responsabilidad con otra persona. El uso de un servicio como Heroku o Nodejitsu le ahorrará tener que administrar las máquinas.
Si no es un maestro en la administración de DB, existen servicios como Parse y Firebase que están diseñados para tales API móviles e incluso proporcionan kits de herramientas para estas cosas.
Ninguno de estos servicios es particularmente costoso, todos son más baratos que contratar a un experto y crear una aplicación de Android ya es mucho trabajo sin tener que administrar sus propios servidores.