La pregunta es pedir la comparación incorrecta.
- C # es un lenguaje.
- J2EE (o mejor JEE desde la versión 1.5 = 5) es un gran ecosistema / marco para desarrollar aplicaciones empresariales en Java.
Por lo tanto, debe comparar Java con C # (como lenguajes) o JEE frente a ASP.Net o lo que sea que la oferta actual de .Net sea para desarrollar aplicaciones empresariales.
Puedo estar sesgado, pero diría que Java / JEE siempre sería la opción más segura. Tal vez no sea lo mejor, definitivamente podría tener éxito en el mundo dotNet de Microsoft, solo digo que JEE es más seguro, especialmente porque la pregunta implica que no tiene idea de qué es qué. Pero en el nivel que debe estar, dada la pregunta, situándolo como un junior total, ninguna de las opciones está mal, y todavía tiene tiempo para saltar el bote si las cosas van de lado.
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Salud.