¿Cómo puede un desarrollador de software experimentado entrar en bioinformática?

A2A.
El conocimiento de la biología no es un gran problema aquí. Siempre puedes elegir las chuletas necesarias en el trabajo. Trabajo en un laboratorio de bioinformática y mi formación es pura matemática. Pero estaba entrenando para convertirme en un científico de datos (a la silicon valley). Para eso, pasé mucho tiempo codificando en Python y R, y leí muchos documentos sobre aprendizaje automático / minería de datos. Así que me uní al laboratorio como investigador cuantitativo para hacer minería de datos sobre datos genómicos.

La bioinformática es una amalgama de biología, informática, matemática y estadística. Si eres bueno en una de estas cosas, puedes intentar conseguir un trabajo de bioinformática. En su caso, puede intentar obtener un trabajo de desarrollador de software en un laboratorio / empresa de bioinformática, donde escribirá software para bioinformática, y tendrá la oportunidad de comprender las tareas de bioinformática en su idioma (CS). Asegúrese de hacer muchas preguntas, leer documentos de bioinformática, un libro sobre algoritmos de bioinformática.

La bioinformática es mucho más fácil si tiene una buena formación en informática, por ejemplo, los métodos de alineación de secuencias se basan en la misma teoría que los algoritmos de compresión de datos y utilizan estructuras de datos como la matriz de sufijos, el ensamblaje del genoma encuentra la ruta de Eulerian en un gráfico, etc. No dudaría en decir que si la bioinformática es mucho más difícil si usted es un biólogo sin experiencia en CS, al revés. Tenemos 3-5 desarrolladores en nuestro laboratorio, quienes escriben código de alta calidad en Java. Algunos de nosotros del equipo de investigación también escribimos códigos Java regularmente. Creamos software para que otros bioinformáticos y biólogos lo utilicen. Aunque hago la mayor parte de mi análisis en Python, escribo código Java para el software que enviamos. Muchos laboratorios / empresas de bioinformática utilizan C ++ para su desarrollo de software. Obtendrá toneladas de oportunidades para mostrar sus habilidades de codificación.

He escrito sobre lecturas de fondo para bioinformática en la siguiente publicación:
La respuesta de Janu Verma a Si quiero comenzar con la bioinformática o la biología computacional, ¿qué temas debo aprender? ¿Cuáles son los desafíos reales en este campo?

También escribo sobre bioinformática, minería de datos y codificación python para biología en Inferencias aleatorias.
Buena suerte y avísame si puedo ayudarte de alguna manera.

Depende de su conjunto de habilidades, si está interesado en la ciencia de datos y está familiarizado con el análisis estadístico, escribiendo programas en python, shell, R (análisis genómico y proteómico de wrt) puede tomar algunos cursos de análisis de datos NGS y comenzar a trabajar. Incluso los paquetes se están desarrollando en C / C ++ también. También hay una gran parte de Bioinformática que se ocupa de las nuevas formaciones de bases de datos que se pueden utilizar para el conocimiento biológico y el intercambio de información.

También puede consultar la respuesta a continuación en Quora.
¿Cuál es el mejor camino hacia una carrera en biología computacional / bioinformática para un desarrollador de software con 2.5 años de experiencia?
No siempre sugeriría un doctorado, ya que lleva muchos años de tu vida, si quieres ser investigador, entonces vale la pena obtener un doctorado o también puedes tomar un Máster y luego seguir. Sin embargo, si desea ingresar directamente a la empresa de Bioinformática de una industria de software, entonces debe ser más un Científico de Datos para poder solicitar puestos de trabajo en ese puesto. Espero que sirva su consulta.

Definitivamente sí. Como bioinformático, una gran fuerza que ralentiza el avance y la aplicación de la bioinformática en este momento es un diseño deficiente de los paquetes existentes que hacen que la reutilización de código o la reutilización de aplicaciones sean extremadamente difíciles. Cuantos más expertos desarrolladores de software haya en biología, mejor será para toda la comunidad.

Dependiendo de su tiempo para encontrar un trabajo en bioinformática, puede comenzar asistiendo a una conferencia con un gran componente bioiformático, como ISMB o una de las conferencias de Cold Spring Harbor y hablar con la gente. La mayoría de los investigadores principales que asisten estarán más que felices de ofrecerle un trabajo.

De lo contrario, podría pasar por los principales centros de bioinformática (UCSB, UCSD, UCSC, JHU, Broad Institute, Rockefeller Center, EBI, EMBL Heidelberg, Max Plank Insitiute, …) buscando puestos post-doc / técnico en temas que le interesarían.

Realmente no necesitas conocimientos de biología. La bioinformática es en gran medida la aplicación de ciertos tipos de algoritmos a ciertos tipos de conjuntos de datos (por ejemplo, secuencias de ADN). Los conjuntos de datos bioinformáticos están disponibles gratuitamente en línea, y puede buscar los algoritmos relevantes en los libros y ejecutarlos en los datos (asegurándose de usar cualquier lenguaje que los bioinformáticos piensen que es sexy en el momento en que hace todo esto).

Por supuesto, puede hacer todo esto, pero aún debe convencer a un empleador de que sabe todo esto …

Podría decirse que la mejor manera de hacerlo es desglosar y pasar un año obteniendo una maestría en bioinformática.

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